Eine regelrechte unterirdische Fabrik
Jonas Sandoz lässt es jedoch nicht bei den zwei schon eingerichteten Räderwerken bewenden. Er lässt die Höhle aushöhlen, um so Platz für fünf Wasserräder zu schaffen, welche Getreidemühlen sowie eine Dresch-, eine Öl- und eine Sägemühle antreiben. Unterirdische Kanäle leiten das Wasser von Räderwerk zu Räderwerk, für die Wartung der Maschinerie werden Tunnels gebaut und Treppen geschlagen. Es handelt sich um eine regelrechte unterirdische Fabrik, die der ruinierte Sandoz 1690, kur z vor seinem Tod, zu verkaufen gezwungen ist. Im 18. Jahrhundert lösen in den Mühlen des Col-des-Roches ein halbes Dutzend Besitzer einander ab, die sich hauptsächlich um eine Vereinfachung der hydraulischen Mechanismen kümmern. In den ersten Jahrzehnten des Jahrhundertes wird von fünf Räderwerken auf vier umgestellt. Ab 1780 zählen alle Reisenden, die die Mühlen besichtigen, einstimmig drei Räderwerke und drei Mühlen. Es wird zwar einfacher und günstiger drei Räderwerke instand zu setzen als fünf. Außerdem reduzieren im Laufe des 18. Jahrhunderts verbotene aber tolerierte Mehlimporte die Zahl der Getreidemühlen im Fürstentum.
Die Verbesserungen der Industriezeit bringt Jean-Georges Eberlé in die Mühlen. Dieser im Württembergischen geborener Bäcker aus Le Locle erwirbt 1844 das Areal. Er baut eine großangelegte Getreidemühle mit Mahlwerken, Getreidereinigung, Sichtsystem und Sackaufzügen. Zehn Jahre später ersetzt er noch ein der Wasserräder durch eine Turbine. Das dritte Rad betreibt über eine 50 Meter lange Antriebswelle das ins Erdgeschoss verlegte Sägewerk.
Ein Schlachthaus
1884 kauft die Gemeinde von Le Locle Eberlés Erben die Mühlen ab. Sie ist vor allem an der Konzession für den Wasserlauf interessiert, den sie zur Sanierung des Tales verändern möchte. Im Jahre 1898 werden die unterirdischen Mühlen in einen Grenzschlachthof umgewandelt. Diese Einrichtungen, die auf Veranlassung des Eidgenössischen Landwirtschaftsdepartements entstanden, führen hauptsächlich die sanitären Kontrollen an importiertem Vieh durch. Zu Beginn des 20. Jahrhunderts wird das Grenzschlachthaus vergrößert, es wird mit neuen Gebäuden und ultramodernen Einrichtungen ausgestattet. Leider benutzt das Grenzschlachthaus die Höhle als Abfallgrube für Fleischabfälle und Abwässer. Bei seiner Schließung 1966 ist das natürliche Kalksteinbecken des Col-des-Roches stark verschmutzt.
Die Umwandlung in ein Museum
1973 macht sich eine Gruppe von Geschichtsliebhabern und Höhlenforschern daran, die Höhle zu reinigen sowie die Mühlen teilweise zu restaurieren. Nach 15 Jahren mutiger und unentgeltlicher Arbeit kann die Müllerbruderschaft des Col-des-Roches die unterirdischen Mühlen der Öffentlichkeit übergeben. Das hatte zur Folge, das Interesse des Publikums zu wecken. Im Laufe der Jahre werden verschiedene Verbesserungen gebracht, wie z.B. die Eröffnung einer Dauerausstellung und eines Raumes für Temporärausstellungen im Jahre 2001. 2004 eröffnet die Stadt von Le Locle eine Touristeninformation. 2007 wird ein geschlossener Wasserkreislauf installiert. Dies ermöglicht, eine Getreidemühle aus dem 19. Jahrhundert anzutreiben. Der Hof, der 2018 saniert wird, lädt zur Erholung im Grünen ein. Jedes Jahr werden Temporärausstellungen präsentiert und verschiedene Veranstaltungen organisiert.